Documentation NOVA

Introduction

Bienvenue dans la documentation de NOVA, la plateforme de calcul haute performance (HPC) de notre université. Cette documentation vous guidera à travers toutes les étapes nécessaires pour utiliser efficacement nos ressources de calcul pour vos projets de recherche.

NOVA est conçu pour supporter une large variété de charges de travail scientifiques, de la simulation numérique à l'apprentissage automatique, en passant par l'analyse de données massives.

Prérequis

Avant de commencer à utiliser NOVA, assurez-vous de disposer des éléments suivants :

• Un compte NOVA actif (obtenu via le formulaire d'inscription)
• Un client SSH installé sur votre machine (OpenSSH, PuTTY, MobaXterm, etc.)
• Connaissances de base en ligne de commande Linux/Unix
• Familiarité avec le langage de programmation de votre choix (Python, R, C++, etc.)

Première Connexion

1. Connexion SSH

Pour vous connecter à NOVA, utilisez la commande SSH suivante :

ssh votre_login@nova.universite.fr

Lors de votre première connexion, vous serez invité à configurer votre mot de passe et l'authentification à deux facteurs.

2. Exploration de votre Espace

Une fois connecté, vous aurez accès à plusieurs répertoires :

3. Configuration de l'Environnement

Chargez les modules nécessaires pour votre travail :

# Lister les modules disponibles
module avail

# Charger un module
module load python/3.11

# Vérifier les modules chargés
module list

Soumettre un Job

NOVA utilise le gestionnaire de jobs SLURM. Voici comment soumettre votre premier job.

Script SLURM Basique

Créez un fichier mon_job.sh :

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mon_premier_job
#SBATCH --output=resultat_%j.out
#SBATCH --error=erreur_%j.err
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8G

# Charger les modules nécessaires
module load python/3.11

# Exécuter votre code
python mon_script.py

Soumettre le Job

# Soumettre le job
sbatch mon_job.sh

# Vérifier le statut
squeue -u votre_login

# Annuler un job
scancel ID_DU_JOB

Jobs GPU

Pour utiliser des GPUs, ajoutez ces directives à votre script :

#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --mem=16G

Gestion des Fichiers

Transfert de Fichiers

Plusieurs méthodes pour transférer vos fichiers :

# SCP (du local vers NOVA)
scp fichier.txt votre_login@nova.universite.fr:/home/votre_login/

# SCP (de NOVA vers local)
scp votre_login@nova.universite.fr:/home/votre_login/resultat.txt ./

# RSYNC (pour transferts volumineux)
rsync -avz --progress mon_dossier/ votre_login@nova.universite.fr:/scratch/votre_login/

Outils Graphiques

Pour une interface graphique, vous pouvez utiliser :

• FileZilla - Client SFTP multiplateforme
• WinSCP - Pour Windows
• Cyberduck - Pour macOS

Environnements de Développement

Environnements Python

# Créer un environnement virtuel
module load python/3.11
python -m venv mon_env

# Activer l'environnement
source mon_env/bin/activate

# Installer des packages
pip install numpy pandas tensorflow

# Désactiver
deactivate

Conda

# Charger Anaconda
module load anaconda3

# Créer un environnement
conda create -n mon_projet python=3.11

# Activer
conda activate mon_projet

# Installer des packages
conda install pytorch torchvision -c pytorch

Optimisation des Performances

Parallélisation

Profitez de la puissance de NOVA en parallélisant vos calculs :

# Exemple avec multiprocessing
from multiprocessing import Pool
import numpy as np

def calcul_intensif(x):
    return np.sum(x ** 2)

if __name__ == '__main__':
    data = [np.random.rand(1000000) for _ in range(100)]
    
    with Pool(processes=16) as pool:
        resultats = pool.map(calcul_intensif, data)

Profilage

Identifiez les goulots d'étranglement de votre code :

# Profiler Python
python -m cProfile -o profile.stats mon_script.py

# Visualiser les résultats
python -m pstats profile.stats

Spécifications Techniques

Logiciels Disponibles

Pour voir la liste complète et les versions disponibles, utilisez la commande module avail une fois connecté à NOVA.

Limites et Quotas

Foire Aux Questions (FAQ)

Contact et Support